Dans l'ensemble, il semble que ce ne soit pas forcément une bonne nouvelle pour les logiciels libres.
Deux possibilités : une 'libéralisation' (au sens open-source) de Microsoft ou une 'fermeture' de Novell.
Étant donné que le rapport de force est très défavorable à Novell (chiffre d'affaire, bénéfice, nombre d'employés, parts de marché, etc.), je vous laisse vous même déterminer l'issue de cette alliance.
Dans les faits, voici les différents points :
D'après lui, et en fonction des termes exacts de l'accord, l'accord pourrait même empêcher Novell de distribuer des logiciels GPL !
Sans vouloir entrer dans le FUD inversé, disons que cela est pour le moins assez troublant.
- Virtualisation : Pour l'instant, le leader du marché est VMWare. La technologie open-source équivalente en fonctionnalités est Xen dans lequel Microsoft a et que Novell 'pousse' un peu beaucoup avec, en particulier, des différences de point de vue quant à la maturité réelle de la solution (voir en particulier l'article du CTO de RedHat )
D'autres technologies existent et semblent gagner une acceptation de plus en plus grande, y compris dans le kernel Linux : la contextualisation avec des technologies comme linux-vserver ou openVZ.
- Services Web pour la gestion de la virtualisation : là encore la bataille actuelle est gagnée par VMWare, mais de nombreux outils open-source existent déjà pour faire cela dans un environnement mixte.
Personnellement, je doute que Microsoft contribue à un outil open-source . J'imagine donc qu'il va s'agir d'une enième offre propriétaire commune à Microsoft et Novell.
- Accord pour Open Document : Disons que Microsoft suit la marée et que l'interopérabilité avec la norme Open Document est rendue obligatoire par 'la pression populaire'. Il s'agit bien ici de créer des ponts entre les deux formats, l'un ouvert, l'autre propriétaire.
- Novell/Microsoft et l'Open-Source : Ces deux compagnies ont de nombreux produits commerciaux qui sont en compétition directe avec des logiciels libres. GroupWise/MS Exchange, eDirectory/ActiveDirectory, etc. Le modèle de Microsoft est 100% commercial alors que celui de Novell est à 'sources mixtes' (i.e. : du propriétaire et du libre).
Bien sur, Microsoft a beaucoup plus de produits en compétition aves des logiciels libres que Novell mais disons que la stratégie de ces deux compagnies ne peut être qu'hybride c'est à dire comportant le développement d'un ou plusieurs logiciels propriétaires. Les échanges de brevet et de propriétés intellectuelles risquent de ne porter que sur les composants propriétaires du portfolio des deux compagnies.
Ceci vient donc encore diminuer la possibilité d'avoir des retombées positives réelles sur les logiciels libres 
Références: